В соответствии с Национальной стратегией по борьбе с коррупцией, которая вскоре должна быть принята, предусмотрено создание независимого органа, который станет основой этой стратегии и неизбежно повлияет на изменение нынешней роли Совета по борьбе против коррупции. Согласно некоторым заявлениям, возможно Совет останется совещательным органом правительства или же станет составной частью нового органа.
Со времени своего основания в 2001 году Совет вступал даже в открытый конфликт с некоторыми министрами и подвергался различных форм давлению, сказала председатель Совета по борьбе против коррупции Верица Барач. Вместо сотрудничества с правительством, работа Совета перечеркивалась, наблюдалось унизительное отношение к его членам, а это подтверждает неготовность правительства решительно подойти к проблеме коррупции. В первом варианте проекта Национальной стратегии по борьбе с коррупцией, в выработке которого наряду с представителями Совета Европы и Министерства юстиции участвовали и члены Совета, приводилось, что параллельно с независимым государственным органом продолжит действовать совещательный орган, что Совет будет подключен к выработке Закона о борьбе с коррупцией. Однако в окончательном варианте проекта Национальной стратегии, подготовленном Министерством юстиции, Совет даже не упоминается. По мнению Верицы Барач, некоторые члены правительства смогли свое недовольство усилиями Совета расследовать некоторые подозрительные дела навязать правительству в целом. Эти министры напуганы возможным подтверждением их причастности к скандалам, так что им удалось оттеснить Совет, хотя по исследованиям общественности граждане доверяют результатам его работы. Верица Барач объясняет, что Совет стал крупнейшей помехой правительству, когда воспротивился смене директора Агентства по приватизации Бранко Павловича, которому удалось понизить уровень коррупции в области приватизации. Это лучший показатель того, что это не отвечает некоторым представителям бизнеса, которые пользуются поддержкой некоторых членов правительства, утверждает Барач.
Исполнительный директор неправительственной организации «Прозрачность» Неманя Ненадич подчеркивает, что разногласия между правительством и Советом являются последствием неправильно утвержденной роли Совета в обществе. Он полагает, что необходимо сохранить Совет, однако необходимо создать и новый орган, независимый от исполнительной власти, в котором будут представлены лица, знающие эту область и для которых это была бы единственная работа.
Заместитель министра юстиции Сербии Бранислав Бьелица полагает, что Совет не будет упразднен, так как он учрежден как экспертный и совещательный орган правительства и только правительство может его упразднить. Заместитель главы канцелярии Совета Европы в Белграде Надя Чук сказал, что национальная стратегия по борьбе с коррупцией предусматривает создание независимого органа, а это не предвосхищает статус остальных органов и институтов, которые занимаются этой проблемой.
