По непроверенным данным, Бранко Милинович обвиняется в укрытии или уничтожении документов деятельности сербской полиции и армии во время проведения антитеррористической операции на Косово.
По данным следствия, Милинович якобы уничтожил 160 документов, состоящих из 1 тыс. 449 страниц, совместного командования армией и полицией в Косове в 1998 году, когда сербские войска вели боевые действия против террористов из так называемой “Армии освобождения Косова”.